ניר הוא מנכ"ל המכללה האקדמית "בית ברל", מוסד אקדמי רב-תחומי העוסק בעיקר בנושאי חינוך, תרבות, אמנות, חברה וממשל. לפני מינויו למנכ"ל המכללה שימש ניר כמנכ"ל "המרכז הישראלי למצוינות בחינוך", עמותה הפועלת לטיפוח וקידום מצוינות בחינוך וחינוך למצוינים. לפני כן היה ניר סמנכ"ל עמותת "עתידים". ל"עתידים" הגיע לאחר שירות ארוך בחיל האוויר כטייס קרב, אותו סיים בתפקיד מפקד בית הספר לטיסה, שם הוא ממשיך לשמש כמדריך במילואים גם היום.